O Laboratório de Microbiologia compreende os Laboratórios de Referência Estadual para: Micologia,Meningite, Tuberculose, Hanseníase, Clamídia, Malária, Rotavírus, Coqueluche, Difteria, Coléra e Enterobacterioses. Dentre as suas ações destaca-se: Realização de exames para isolamento e identificação de bactérias, por meio de colorações, esfregaços, culturas e testes de sensibilidade a antibióticos e provas bioquímicas.
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